Auf der linken Seite kommen Sie an einer byzantinischen Kirche aus dem 15. Jh. vorbei, der Panagía oder Marienkirche.Die 1490 unter Großmeister Aubusson ausgebaute Hauptkirche von Lindos ist der Muttergottes geweiht. Sie wurde um eine Art Vorhalle mit gotischem Kreuzrippengewölbe erweitert und ist in typisch nachbyzantinischer Manier ausgemalt. Der hohe Glockenturm wurde erst im 19. Jh. hinzugefügt, doch seine Basis ist weitaus älter, wie die Wappen des Großmeisters und eines gewissen Ritters Ayper an seiner Südseite bezeugen. Im Innern befinden sich Fresken aus dem 18. Jh., geschaffen von einem Maler aus Symi, wie eine Inschrift über der Nordtür berichtet. Der Boden ist mit Mosaiken aus schwarzen und weißen Meerkieseln ausgelegt, ebenso wie viele der Innenhöfe in Lindos. Sehenswert sind auch der holzgeschnitzte Bischofsthron und die prachtvoll vergoldete Ikonostase, beides Werke aus dem 17. Jh. Im kleinen Kirchenmuseum, das man über den Vorhof erreicht, sind liturgische Textilien und Gerätschaften zu sehen, u.a. Monatsbücher venezianischer Provenienz aus dem 17./18. Jh., die liturgische Texte für jeweils einen Monat im unbeweglichen Zyklus des Kirchenjahres enthalten, sowie ein Hymnenbuch mit byzantinischer Notenschrift, die wie arabische Kaligrafie aussieht.